پس از لشکرکشی‌های اسکندر مقدونی در آسیای میانه در سال‌های ۳۲۹ تا ۳۲۷ پیش از میلاد، مهاجران یونانی در باختر، دشت میان هندوکش و آمو دریا، ماندگار شدند. در حدود ۲۵۰ پیش از میلاد این ولایت جدا شد و پادشاهی مستقلی پدید آورد که تا هجوم کوچ‌نشینان در حدود یک سده بعد دوام آورد. نامدارترین شهر آن، آی‌خانم در ولایت تخار امروزی، تئاتر و ورزشگاه یونانی را در کنار کاخ‌ها و پرستشگاه‌هایی با طرح آسیای میانه‌ای جای داده بود.
پادشاهی‌ای از آنِ خود
باختر نخست بخشی از امپراتوری سلوکی بود که یکی از سرداران اسکندر بنیاد نهاده بود. با سست شدن قدرت سلوکیان در میانهٔ سدهٔ سوم پیش از میلاد، فرمانداری به نام دیودوتوس اعلام استقلال کرد؛ سکه‌هایی که در بکترا ضرب می‌شد، به‌جای چهرهٔ شاه سلوکی چهرهٔ او را نشان می‌داد. پژوهشگران هنوز بر سر تاریخ دقیق آن بحث دارند و برآوردها میان حدود ۲۵۵ و ۲۴۶ پیش از میلاد است.
در سال ۲۰۸ پیش از میلاد، انتیوخوس سوم، شاه سلوکی، به باختر لشکر کشید و اوتیدیموس، شاه باختر، را در بکترا محاصره کرد. پس از دو سال، او دست کشید، استقلال باختر را پذیرفت و با آن پیمان اتحاد بست. در حدود ۱۹۰ پیش از میلاد، دیمتریوس یکم سپاهیانی را به جنوب هندوکش برد و در شمال‌غرب هند پادشاهی یونانی‌ای بنیاد گذاشت که از پادشاهی مادر خود بیشتر دوام کرد.
آی‌خانم، شهری بر کرانهٔ آمو
ویرانه‌های آی‌خانم، نامی ازبکی به معنای «تپهٔ بانوی ماه»، در سال ۱۹۶۴ در محل پیوستن آمو دریا و رود کوکچه کشف شد. باستان‌شناسان فرانسوی از ۱۹۶۵ تا ۱۹۷۸ در آن حفریات کردند. این شهر تقریباً سه‌گوش، به ابعاد حدود ۱٫۸ در ۱٫۶ کیلومتر، باروهایی از خشت خام، ارگی بر فراز تپه و شهر پایینی داشت که بیشتر ساختمان‌ها در آن بود.
ساختمان‌های عمومی آن از گونهٔ یونانی بودند: ورزشگاهی (گیمنازیوم) بسیار بزرگ با حیاط‌هایی برای ورزش و آموزش، تئاتری از خشت خام با ردیف‌های پلکانی نشیمن، فواره‌ای که دهانه‌هایش به شکل دلفین، سگ و نقاب کمدی تراشیده شده بود، و ستون‌هایی به سبک‌های کورنتی و دوری. در آرامگاه کینیاس، که شاید بنیان‌گذار شهر بوده، سنگ‌نبشته‌ای رونوشتی از اندرزهای مشهور دلفی را بر خود داشت. پژوهشی در سال ۲۰۱۷ بر آن است که این متن را کلئارخوس سولیایی، فیلسوف یونانی، در آغاز سدهٔ سوم پیش از میلاد در آن‌جا برپا کرده است.
یونانی و آسیای میانه‌ای در کنار هم
آی‌خانم تنها شهری یونانی نبود که به خاور آورده شده باشد. کاخ مرکزی آن با حیاط‌ها، دفترها و خزانه، در طرح‌ریزی از اندیشه‌های ایرانی پیروی می‌کرد؛ پرستشگاه‌هایش طرح یونانی نداشتند و یادآور نمونه‌های ایرانی و بین‌النهرینی بودند؛ و خانه‌های بزرگ آن با خانه‌های یونانی تفاوت داشتند. سفال‌های آن نیز آمیزه‌ای از گونه‌های یونانی و محلی بودند.
در خزانهٔ کاخ، خُم‌هایی با نوشته‌های یونانی، پاره‌هایی از پاپیروس‌های ادبی یونانی و انبوهی از سنگ‌های تراشیده و ناتراشیده، به‌ویژه لاجورد، یافت شد؛ پس‌کرانهٔ کوهستانی شهر، بدخشان، از یاقوت و لاجورد غنی بود. کارگاه‌ها عاج کنده‌کاری‌شده، ظرف‌های سنگی منبت‌کاری‌شده و پیکره‌هایی به اندازهٔ واقعی از گل و گچ می‌ساختند؛ شیوه‌ای که بعدها در سراسر آسیای میانه گسترش یافت. سکه‌های نقره‌ای این پادشاهی از زیباترین سکه‌های یونانی شمرده می‌شوند و جغرافی‌دان یونانی، استرابون، از این سرزمین با عنوان «باختر هزار شهر» یاد کرده است.
پایان فرمانروایی یونانیان
در دهه‌های پایانی پادشاهی، اوکراتیدس قدرت را از خاندان اوتیدیموس گرفت و جنگ‌های درازمدت میان شاهان یونانیِ رقیب، دولت را ناتوان ساخت. در حدود ۱۴۷ تا ۱۴۵ پیش از میلاد، یونانیان آی‌خانم را رها کردند و شهر غارت شد. هنگامی که فرستادهٔ چینی، ژانگ چیان، در حدود ۱۳۰ پیش از میلاد از این‌جا گذشت، باختر به امیرنشین‌های کوچکی زیر چیرگی یوئه‌چی‌ها، کوچ‌نشینانی از شمال، تقسیم شده بود؛ امپراتوری کوشانی بعدها از میان همین مردم برخاست.
